Le nombre de ces installations, principalement pour les activités d'élevage, était d'environ 120 000 en 2020, ce qui n'est pas une statistique fiable. Son association avec la réglementation des formulations classées est justifiée par les risques de nuisances, de contamination et même pour certains types d'ICPE comme le méthane et les accidents. Cependant, les mesures d'atténuation ont exclu une grande partie des installations d'élevage les plus importantes des procédures d'évaluation environnementale, et pour celles soumises à simple déclaration, le périmètre du dispositif prévoyant des inspections périodiques par des organismes habilités a été significativement réduit en 2016.

Les moyens de suivi des ICPE, conjoints du ministère de l'agriculture et de l'alimentation et du ministère de la transition environnementale, ne sont pas proportionnels au nombre d'équipements et aux enjeux environnementaux. Les sanctions restent rares et peu dissuasives.

Le développement des méthodes technologiques et des outils informatiques ainsi que la mutualisation des ressources humaines ne garantiront pas à elles seules un suivi satisfaisant des ICPE faisant l'objet de publicité, qui constituent l'essentiel des équipements. Le renforcement des contrôles par le rétablissement du système des contrôles périodiques par des organismes accrédités auprès d'exploitations spécifiques, ainsi qu'un meilleur accompagnement des agriculteurs, apparaît comme indispensable. La Cour formule au total quatre recommandations.