La directive 2011/92/CE du 13 décembre 2011 en son article 6 exige une séparation fonctionnelle dans le cas où l’autorité publique compétente pour autoriser un projet est à la fois chargée de la consultation en matière environnementale. Le Conseil d’État, dans un arrêt France nature environnement de 2017, avait jugé que, quand le préfet de région est compétent pour autoriser les projets, les services placés sous son autorité ne disposaient pas d’une autonomie réelle pour donner un avis (CE 6 déc. 2017, n° 400559, Dalloz actualité, 13 déc. 2017, obs. J.-M. Pastor).

Par contre, la mission régionale d’autorité environnementale du Conseil général de l’environnement et du développement durable peut être regardée comme disposant, à l’égard du préfet, d’une autonomie réelle qui lui permet de rendre un avis environnemental (CE 20 sept. 2019, n° 428274).

Deux préfets mais un même service : pas d’autonomie

La société Eole Res a reçu l'autorisation du préfet de la Haute-Saône (région de Bourgogne-Franche-Comté) d'exploiter un parc de dix éoliennes sur les territoires des communes d’Andelarre, Baignes, Mont-le-Vernois et Rosey. Pour rejeter le recours de l’association Des évêques aux cordeliers, la cour administrative d’appel de Nancy avait considéré que les exigences de la directive avaient été respectées puisque l’avis de l’autorité environnementale avait été émis par le préfet de région et que la décision attaquée avait été prise par le préfet de département.

Le Conseil d’Etat précise que lorsque le projet est autorisé par un préfet de département autre que le préfet de région, « l’avis rendu sur le projet par le préfet de région en tant qu’autorité environnementale doit, normalement, être regardé comme ayant été émis par une autorité disposant d’une autonomie réelle répondant aux exigences de l’article 6 de la directive du 13 décembre 2011, excepté le cas où c’est le même service qui a, en même temps, instruit la demande d’autorisation et préparé l’avis de l’autorité environnementale ». En particulier, les exigences de la directive « ne peuvent être regardées comme satisfaites lorsque le projet a été instruit pour le compte du préfet de département par la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) et que l’avis environnemental émis par le préfet de région a été préparé par la même direction, sauf si l’avis n’ait été préparé, au sein de cette direction, par le service mentionné à l’article R. 122-21 du code de l’environnement qui a spécialement pour rôle de préparer les avis des autorités environnementales ». En l’espèce, il apparaissait que c’était la même unité territoriale de la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement de Franche-Comté qui avait à la fois instruit la demande d’autorisation et préparé l’avis de l’autorité environnementale. L’exigence d’autonomie réelle au sens de la directive de 2011 n’a aucunement été respectée.