La direction interrégionale de la mer est créée par fusion des directions régionales des affaires maritimes de son ressort et par intégration des parties de services chargées, dans les directions départementales des territoires et de la mer de son ressort, d'exercer les attributions en matière de signalisation maritime et de gestion des centres de stockage interdépartementaux POLMAR. Ces directions interrégionales de la mer peuvent être mises à disposition, en tant que de besoin, du ministre chargé de la pêche maritime. Un arrêté du préfet de la région du siège de la direction interrégionale de la mer pris après consultation des préfets concernés précise le périmètre des parties de services faisant l'objet de l'intégration prévue à l'alinéa précédent, et les emplois correspondants.


Concernant ses attributions, les directions interrégionales de la mer et les directions de la mer ont une compétence très large dans les questions concernant la mer. Ses seules limites sont la défense nationale et les ports. Ces directions interrégionales de la mer comprennent un siège, un service interrégional de santé des gens de mer et, le cas échéant, des centres régionaux opérationnels de surveillance et de sauvetage, des centres de sécurité des navires, des établissements des phares et balises, des centres de stockage POLMAR.
Dans leurs ressorts, sous l'autorité des préfets de région, du préfet maritime et sous réserve des compétences des préfets de département et des compétences attribuées à d'autres services ou établissements publics de l'État, les direction interrégionale de la mer sont compétentes pour ce qu'il s'agisse de la protection de l'environnement en mer et sur le littoral, de la pêche et de l'aquaculture, de l'enseignement maritime, du travail maritime, du développement durable des activités maritimes, de la signalisation maritime, de la surveillance, du sauvetage et de la sécurité en mer.
Elles sont chargées de conduire les politiques de l'État en matière de développement durable de la mer, de gestion des ressources marines et de régulation des activités maritimes et de coordonner, en veillant à leur cohérence, les politiques de régulation des activités exercées en mer et sur le littoral, à l'exclusion de celles relevant de la défense et de la sécurité nationales et du commerce extérieur.
Elles sont également chargées de la préparation et de la mise en œuvre des plans d'action pour le milieu marin (décret n° 2011-492 du 5 mai 2011 relatif au plan d'action pour le milieu marin) et des documents stratégiques de façade (décret n° 2012-219 du 16 février 2012 relatif à la stratégie nationale pour la mer et le littoral et aux documents stratégiques de façade). Avec les directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement, les directions interrégionales de la mer concourent notamment à la gestion et à la protection du littoral et des milieux marins, à la gestion intégrée des zones côtières et du domaine public maritime et à la planification des activités en mer
Hormis les attributions développées précédemment, les directions interrégionales de la mer veillent aussi à la prise en compte de l'intérêt général et du développement durable dans les activités qui s'exercent concurremment sur les espaces maritimes placés sous la souveraineté ou sous la juridiction de l'État. Elles veillent aussi en parallèle aux intérêts du milieu marin et des activités maritimes dans la conception, le suivi et le contrôle des activités ou des projets susceptibles d'avoir des conséquences sur ce milieu.
Les directions interrégionales de la mer assurent enfin le secrétariat des conseils maritimes de façade, créés à la suite du Grenelle de la mer (arrêté du 27 septembre 2011 relatif à la composition et au fonctionnement des conseils maritimes de façade).