La CJUE, a dans un arrêt du 4 mars 2010 (le dernier en date) condamné la France pour manquement aux obligations de la directive Habitats en raison d’un dispositif d’évaluation d’incidences Natura 2000 trop restrictif. La transposition effectuée par la France excluait notamment l’étude d’incidences sur les sites Natura 2000 pour les projets soumis à déclaration.
En d’autres termes, cette condamnation porte sur le fait que la législation française ne raisonne pas en terme d’incidences possibles sur les sites Natura 2000 comme les directives, mais en terme d’activités, en exonérant a priori certains types de travaux ou de projets.

Pour corriger cet écart de transposition, la loi relative à la responsabilité environnementale et à diverses dispositions d'adaptation au droit communautaire dans le domaine de l'environnement d’août 2008 et un premier décret ont établit une liste nationale des projets qui devront être soumis à une évaluation d’incidences Natura 2000.

Cette liste inclut notamment tous les travaux soumis à autorisation de la réglementation sur les installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE), les carrières soumises à déclaration, ainsi que les projets soumis à déclaration relevant de la directive-cadre sur l’eau.

Des listes locales établies par les préfets incluent des sites ICPE soumis à déclaration.

Enfin, une liste nationale de référence pour les projets non encadrés par une législation, a été établie (disponible sur le site internet du MEEDDM) en vue de la publication de listes locales opérationnelles par les préfets.

Quel avenir pour ces listes ?

L’article 125 la loi Grenelle II entrée en vigueur le 14 juillet 2010 limite plus strictement le champ d’application des contrats Natura 2000.

L’article 125 modifie l’article L.414-4 du code de l’environnement. Le nouvel article L.414-4 du code de l’environnement prévoit une nouvelle disposition qui permet au préfet de soumettre à une évaluation des incidences, sur décision motivée, « tout document de planification, programme ou projet ainsi que manifestation ou intervention susceptible d’affecter de manière significative un site Natura 2000 et qui ne figure pas sur les listes » précédemment citées.

Désormais toute activité peut faire l’objet d’une évaluation des incidences sur décision préfectorale, cette disposition ôte l’ intérêt d’établir des listes.

Cette nouvelle disposition crée une insécurité juridique forte pour les exploitants puisque tout activité est susceptible de faire l’objet d’une décision préfectorale prescrivant une notice d’incidences. Mais cette disposition met la France en conformité avec ses obligations vis à vis de la CJUE.