En englobant l’ONEMA, l’Agence française pour la biodiversité (AFB), crée le 1er janvier 2017, hérite de ses sources de financement, et notamment des contributions des 6 agences de l’eau disséminées sur le territoire français.

Ces agences, établissements publics administratifs, dont le rôle est d’organiser la planification et le financement des politiques de l'eau, afin de préserver les ressources en eau et d'assurer un bon état des eaux, récoltant en retour des redevances payées par les usagers, voient le montant de cette contribution financière, annuelle et obligatoire, fixé par arrêté.

Selon l’arrêté du 25 avril 2017, le montant total, hors versements opérés en application du V de l’article L. 213-10-8 du Code de l’environnement, sera donc de 145 M € pour l’année 2017 et 150 M € pour l’année 2018.

On note que cette contribution est en hausse depuis 2015, et qu’elle pèse un poids important dans les capacités financières de l’AFB : avec les dotations de l’État, elle représente la plus grosse partie du budget de l’institution (fixé à 220 millions).
Pourtant, et alors même que plusieurs voix se sont déjà élevées pour critiquer le manque de moyens de l’AFB (notamment chez certaines associations de protection de l’environnement), les débats précédant l’adoption de la loi de finances 2017 avaient fait craindre une réduction de ces montants. Il faut dire que depuis le départ, cette ponction de l’État sur le budget des agences de l’eau suscite des discussions houleuses.

Or une des mesures adoptées par loi Biodiversité du 8 aout de 2016 a rouvert le sujet: principe de spécialité oblige, les interventions financières des agences de l’eau sont confinées à leurs missions définies par le législateur, ainsi les contributions récoltées auprès d’elles par l’AFB n’avaient vocation à être utilisées que dans le domaine de l’eau. Ainsi, afin de délier les mains de l’AFB, et que ce concours financier puisse contribuer au financement de toutes ses politiques, la dite loi avait, de fait, étendu les missions des agences de l’eau à la connaissance, à la protection et à la préservation de la biodiversité terrestre et marine.

C’est cet élargissement des missions, conjugué au maintien du montant prélevé par l’AFB qui a fait craindre au rapporteur de la loi de finances 2017 devant le Sénat un « délaissement des projets les prioritaires, dans le domaine de l’eau et de l’assainissement» par les agences de l’eau. Était donc suggéré une suppression, voire une réduction du montant du prélèvement de l’AFB.

Finalement c’est l’assiette des redevances versées par les usagers aux agences de l’eau qui a été étendue vers les usages portant atteintes à la biodiversité et au milieu marin par la loi de finances pour 2017, afin que l’équilibre budgétaire soit atteint, vidant encore plus de son sens l’adage selon lequel « l’eau paye l’eau » .

Cette disposition ne règle en outre pas toutes les problématiques liées au financement de l’AFB : les 60 millions d’euros tirés des investissements d’avenir promis depuis plusieurs mois par la ministre de l’environnement, Madame Ségolène Royal se font notamment encore attendre.