Le mécanisme des « sites naturels de compensation » est issu de la loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages du 8 août 2016, n° 2016-1087. Il a été plus clairement défini par deux décrets du 28 février 2017, n° 2017-264 et n°2017-265, publiés le 2 mars de cette même année.

L’article L. 163-1, I, du Code de l’environnement, dispose que « les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité lors de la réalisation d’un projet de travaux, d’un ouvrage ou lors de l’exécution d’un document de planification, doivent être évitées, réduites ou à défaut compensées ». A cette fin, des mesures préventives et correctives utilisant « les meilleures techniques disponibles à un coût économiquement acceptable » sont mises en place.

En vertu de l’article L. 163-3, du Code de l’environnement, les sites naturels de compensation qui sont des « opérations soit de restauration, soit de développement d’éléments de biodiversité », permettent aux personnes « soumises à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité » d’acheter des unités de compensation. Leur prix est fixé par rapport au nombre d’hectares, mais il peut varier selon l’inflation.

Le porteur de projet doit recourir à un opérateur privé ou public de compensation agréé par l’État. Ce dernier doit « proposer pour le compte du maître d’ouvrage, des mesures de compensation ».

Les sites naturels de compensation sont soumis à l’agrément préalable délivré par arrêté de l’actuel Ministre de l’Environnement, de l’Énergie et de la Mer, après avis du Conseil national de la protection de la nature.
L’agrément qui précise un certain nombre d’éléments relatifs au site et à la compensation, peut être modifié ou retiré et ne peut avoir une durée inférieure à 30 ans. Si le ministre reste silencieux à l’échéance d’un délai de 6 mois à compter de la demande, ledit silence vaut agrémentation.

La demande d’agrément relative au site, n’est acceptée que si l’opérateur de compensation remplit deux conditions. Il doit disposer des droits relatifs au site qui sont nécessaires à la mise en œuvre des mesures de compensation et doit avoir les « capacités techniques et financières pour compenser les atteintes à l’environnement ».

Après l’agrémentation, l’opérateur de compensation doit réaliser les mesures de compensation édictées et en assurer le suivi et l’évaluation. Un comité de suivi local composé librement et présidé par le préfet de région, est chargé de suivre ces obligations. Leur compte rendu n’est pas transmis au public, mais seulement au Ministre. Si le site naturel de compensation ne permet pas à au moins une des obligations du maître d’ouvrage d’être remplie, le Ministre de l’Environnement, de l’Énergie et de la Mer pourra alors lui retirer l’agrément.