La loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages crée l'Agence française pour la biodiversité, sur le modèle de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME), au Titre III, article 21.

Selon cet article, cette Agence contribuera à :

- la préservation, à la gestion et à la restauration de la biodiversité ;
- au développement des connaissances, ressources, usages et services écosystémiques attachés à la biodiversité ;
- à la gestion équilibrée et durable des eaux ;
- à la lutte contre la biopiraterie.

Elle est le fruit du rapprochement de quatre organismes déjà existants : l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (Onema), les Parcs nationaux de France, l'Agence des aires marines protégées (et les parcs naturels marins) et l'Atelier technique des espaces naturels (Aten).

La ministre de l'Environnement Ségolène Royal s'est engagée début septembre à doter cette Agence de 50 agents supplémentaires pour la réalisation de ses nouvelles missions. Ainsi, l'AFB sera l'interlocuteur des élus et des entreprises dans leurs projets d'infrastructure. Elle apportera un appui scientifique, technique et financier aux politiques publiques de l'eau, de la biodiversité et des milieux marins. Y compris le soutien aux filières des croissances verte et bleue et l'accompagnement des acteurs socio-économiques et porteurs de projets.

Parmi ses missions, l'Agence sera chargée de faciliter la constitution des trames vertes et bleues ainsi que la gestion d'aires protégées. Elle assurera également l'évaluation de l'impact du changement climatique sur la biodiversité, la lutte contre la biopiraterie ou encore le suivi des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité. Elle contribuera aussi à l'amélioration des connaissances sur la biodiversité en apportant son appui aux actions de formation initiale et continue des professionnels. La communication, l'information et la sensibilisation de l'ensemble des publics font également partie de ces compétences.

L'AFB reprendra aussi les missions de police administrative et judiciaire relative à l'eau et l'environnement exercées par l'Onema, cette dernier pouvait par exemple faire des constat d'infractions.

Elle mettra en œuvre ses missions de police en liaison avec les établissements publics compétents dans le cadre d'unités de travail communes. Les agents de l'Agence apporteront leurs concours aux préfets de département et aux préfets maritimes dans le cadre de missions de police administrative. Sous l'autorité du procureur de la République, ils mèneront leurs missions de police judiciaire. Les missions de police de l'AFB ont toutefois fait l'objet de débat chez des parlementaires qui soutenaient que celles-ci devraient être exclusivement exercées par l'Office nationale de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS).

L'Agence collaborera avec l'ONCFS par la mutualisation de leurs services départementaux et avec le Muséum national d'histoire naturelle sur les questions d'expertise.

L'Agence s'organisera autour de trois pôles : le marin à Brest (Finistère), l'eau à Vincennes (Val de Marne) et le terrestre à Montpellier (Hérault) pour ses services centraux. Elle sera présente dans les territoires, y compris outre-mer, avec des directions régionales des services départementaux, mais aussi l'ensemble des parcs naturels marins et des antennes de façade maritime.

En complément, des agences régionales seront créées en partenariat avec les régions volontaires, en lien avec les départements, et sous différentes formes juridiques : établissement public de coopération environnementale, groupement d'intérêt public, etc. La loi précise que les régions et l'AFB peuvent créer conjointement des ARB. Ces dernières pourront exercer tout ou partie des missions de l'AFB, à l'exception des missions de police de l'environnement, selon la loi.

Elle sera opérationnelle le 1er janvier 2017.