Un recours en manquement a été dirigé le 18 décembre 2014 contre la Grèce qui n’a pas assuré la transposition de plusieurs directives dans les délais prévus. Dans un arrêt du 10 septembre 2009 « Commission c. Grèce » (C-286/08) la Cour de justice de l’Union Européenne a constaté que la Grèce n’avait pas assuré la bonne application de la directive sur les déchets (Directive 2006/12/CE du Parlement européen et du Conseil, du 5 avril 2006), de la directive sur les déchets dangereux (Directive 91/689/CEE du Conseil, du 12 décembre 1991), et de la directive sur la mise en décharge des déchets (Directive 1999/31/CE du Conseil, du 26 avril 1999).
L’article 6, paragraphe 1, de la directive 91/689 est repris, en substance, à l’article 28 de la directive 2008/98/CE du 19 novembre 2008. Cet article prévoyait que les autorités étatiques devaient élaborer séparément ou dans le cadre de leurs plans généraux de gestion des déchets, des plans de gestion des déchets dangereux rendus publics. 
L’article 1er, paragraphe 1, de la directive 1999/31/CE du Conseil, du 26 avril 1999, impose aux États membres de prévoir des mesures, des procédures et des orientations visant à prévenir ou à réduire autant que possible les effets négatifs de la mise en décharge des déchets sur l’environnement pendant toute la durée de vie de la décharge.
La directive 2006/12/CE du Parlement européen et du Conseil, du 5 avril 2006 relative aux déchets reprend les dispositions de la directive 75/442/CEE, relatives à la protection de la santé de l’homme et de l’environnement contre les effets préjudiciables causés par le ramassage, le transport, le traitement, le stockage et le dépôt des déchets.
La Cour a constaté que la Grèce n’avait pas élaboré, ni adopté dans un délai raisonnable, un plan pour la gestion des déchets dangereux conforme aux exigences du droit de l’Union. Un réseau adéquat d’installations d’élimination des déchets dangereux, caractérisé par l’utilisation de méthodes appropriées pour garantir un niveau élevé de protection de l’environnement et de la santé publique, n’a pas été établi par la Grèce. La Cour reproche l’État de ne pas avoir pris toutes les mesures nécessaires pour assurer, en ce qui concerne la gestion des déchets dangereux, le respect des règles en matière de valorisation et d’élimination des déchets ainsi que d’autorisation et d’exploitation des décharges.
La date d’échéance du délai au cours duquel l’État devait mettre en oeuvre toutes ces mesures était fixée au 25 mars 2013. La Grèce n’ayant pas pris les mesures nécessaires pour se conformer à l’arrêt du 10 septembre 2009, la Commission a décidé d’introduire un second recours en manquement.
Dans l’arrêt du 7 septembre 2016, la Cour constate que la Grèce n’a pas pris toutes les mesures nécessaires à l’exécution de l’arrêt de 2009. Le 25 mars 2013, la Grèce n’avait toujours pas adopté de plan spécifique pour la gestion des déchets dangereux ni réalisé un réseau intégré et approprié d’installations d’élimination des déchets dangereux ou mis en œuvre une gestion conforme des « déchets historiques » (déchets anciens entreposés provisoirement dans des sites non prévus à cet effet).
La Cour constate que le manquement de l’État dure depuis six ans. Ce manquement est particulièrement grave, dans la mesure où il est susceptible de mettre directement en danger la santé humaine et de porter préjudice à l’environnement. La Cour relève notamment que la construction de plusieurs installations ainsi que de trois décharges pour le traitement des déchets dangereux n’a toujours pas commencé. La Commission demandait à l’appui de son recours la prise de sanctions pécuniaires. Par l’arrêt du 7 septembre 2016, la Cour estime opportun de condamner la Grèce à payer, sur le budget de l’Union, une astreinte de 30 000 euros par jour de retard dans la mise en œuvre des mesures nécessaires pour se conformer à l’arrêt de 2009. Cette astreinte est due dès le prononcé de l’arrêt jusqu’à la complète exécution de l’arrêt de 2009.
Par ailleurs, la Cour considère comme approprié de condamner la Grèce à payer, sur le budget de l’Union, une somme forfaitaire de 10 millions d’euros afin de prévenir la répétition future d’infractions analogues au droit de l’Union.