L’article L.163-1 du Code de l’environnement créé par la loi du 8 août 2016 définit les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité comme les mesures d’action préventive et de correction par priorité à la source des atteintes à l’environnement (prévues par l’article L.110-1 II 2° du Code de l’environnement) et rendues obligatoires par un texte législatif ou réglementaire pour compenser, dans le respect de leur équivalence écologique, les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité occasionnées par la réalisation d'un projet de travaux ou d'ouvrage ou par la réalisation d'activités ou l'exécution d'un plan, d'un schéma, d'un programme ou d'un autre document de planification.

L’article précise que ces mesures visent un objectif d'absence de perte nette, voire de gain de biodiversité. Celles-ci se traduisent par une obligation de résultats et sont effectives pendant toute la durée des atteintes. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d'évitement et de réduction. Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci ne doivent pas être autorisées en l'état.

La loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages impose à toute personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité d’y satisfaire soit directement, soit en confiant, par contrat, la réalisation de ces mesures à un opérateur de compensation, soit par l'acquisition d'unités de compensation dans le cadre d'un site naturel de compensation.

Le contrat de compensation est donc un contrat de prestation de service qui met en œuvre l’obligation légale de compensation. Les parties à celui-ci sont d’une part le maître d’ouvrage et d’autre part l’opérateur de compensation qui est « une personne publique ou privée chargée, par une personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité, de les mettre en œuvre pour le compte de cette personne et de les coordonner à long terme » (C. env. art L.163-1 III).

En revanche, lorsque des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité sont mises en œuvre sur un terrain n'appartenant ni au maître d’ouvrage, ni à l'opérateur de compensation désigné, un contrat est conclu avec le propriétaire et, le cas échéant, le locataire ou l'exploitant et définit la nature des mesures de compensation et leurs modalités de mise en œuvre, ainsi que leur durée.

Le débiteur de l’obligation de compensation peut également acquérir des unités de compensation dans le cadre des sites naturels de compensation qui sont des opérations de restauration ou de développement d’éléments de biodiversité permettant de mettre en œuvre les mesures de compensation ci dessus évoquées à condition toutefois d’avoir fait l’objet d’un agrément préalable par l’Etat.

Pour la doctrine, ce nouveau contrat se rapproche de ceux mettant en œuvre les mesures de remise en état prescrites par le droit des installations classées pour la protection de l'environnement ou de gestion des déchets imposées par le droit des déchets en ce que les obligations contractuelles ne sont opposables qu'entre les contractants et le débiteur administratif, à savoir ici le maître d'ouvrage, qui, dans tous les cas, reste seul responsable à l'égard de l'autorité administrative qui a prescrit ces mesures de compensation.

Lorsque la compensation porte sur un projet, un plan ou un programme soumis à évaluation environnementale, la nature des compensations proposées par le maître d'ouvrage est précisée dans l'étude d'impact présentée par le pétitionnaire avec sa demande d'autorisation.
Enfin, les mesures de compensation sont mises en œuvre en priorité sur le site endommagé ou, en tout état de cause, à proximité de celui-ci afin de garantir ses fonctionnalités de manière pérenne.