La mise en application effective des décisions adoptées lors de l’assemblée générale des Nations Unies est soumise à l’examen de cet organe plénier. Cela se traduit par un document élaboré par un assemblage d’organisation non gouvernementale visant à lister les obligations des Etats pour la préservation des écosystèmes en eau profonde et la mise en application effective de leurs engagements. Ces organisations à but non lucratifs relèvent des points positifs de la mise en application des mesures de protection de la biodiversité marine par les Etats notamment la création des organismes chargés de mettre en place des mesures techniques visant à limiter certains instruments utilisés pour la pêche profonde.
Cependant ces organisations non gouvernementales relèvent les failles de la mise en application de l’accord international, dans la mésures où une violation de ces engagements est perceptible en ce qui concerne la pêche profonde en haute mer.
Ces sujets primaires du droit international public font preuve d’une carence de volonté dans la mise en application de leurs engagements en ce sens que certains instruments de pêche reconnus comme étant des destructeurs des espèces en mer profonde sont utilisés notamment les chaluts. Le chalutage est l’une des méthodes de pêche les plus destructives de l’histoire. Au vu de ces accords, les Etats devraient mettre en application le principe de précaution relatifs à la gestion des espèces en eau profonde.
En vue d’inciter ces Etats à respecter la réglementation internationale ces Organisations Non Gouvernementales, à travers leurs documents préconisent une étude technique visant à apprécier les conséquences environnementales où les pêches en eau profonde sont tolérées. Il s’agira de recueillir des informations qui constitueront une légitimité d’interdiction ou non de la pêche profonde dans ces zones.
Ces ONG proposent l’interdiction du chalutage au-delà des 800 mètres qui a déjà été évoqué dans le cadre des discussions du règlement européen encadrant la pêche profonde.