En 2009, la communauté urbaine Marseille-Provence-Métropole a convenu la signature de deux contrats. Le premier est relatif à la délégation de service public pour l’exploitation d’installations de traitement des déchets par incinération. Le second, avec la même délégataire, prévoyait la construction et l’entretien des installations de traitement des déchets.
Plusieurs tiers dont L’association de défense et de protection du littoral du golfe de Fos-sur-Mer, le collectif citoyen santé environnement de Port-Saint-Louis-du-Rhône, ou encore la commune de Fos-sur-Mer ont demandé au TA de Marseille l’annulation de cette délégation pour excès de pouvoir. Après que ce dernier ait annulé les deux délibérations attaquées, la CAA de Marseille s’est prononcée en invalidant le jugement précédant et en annulant le premier contrat de délégation de service.
Un pourvoi est formé devant le Conseil d'Etat qui devait se prononcer sur la légalité de la convention intitulée « bail à construction » signée avec le port autonome de Marseille et la légalité de sa cession, alors que le terrain en question appartenait dès l’origine au domaine public. Le Conseil d’Etat va, dans son considérant 14, juger qu’un bail à construction peut être conclu par la communauté urbaine avec un cocontractant dans la mesure où celui-ci respecte les dispositions prévues par le code général de la propriété des personnes publiques pour les autorisations d'occupation du domaine public constitutives de droits réels, ce qui n’était pas le cas en l’espèce.
Le Conseil d’Etat va juger la convention illégale, et va préciser dans son considérant 19 que cela a pour conséquence d’invalider la délibération pour le deuxième contrat sur la délégation de service public de traitement des déchets. Pour autant, la décision du Conseil d’État n’annule pas le contrat en lui-même. Il est donc possible pour la commune de régulariser la convention pour le futur.