Le mercredi 2 mars 2016, le Canton et la ville de Genève ont annoncé déposer plainte contre X pour pollution des eaux et mise en danger d'autrui résultant de l'activité de la centrale nucléaire française de Bugey. Les autorités cantonales prévoient d'organiser une conférence de presse lundi 7 mars 2016.

En l'espèce, la centrale de Bugey se situe à environ 70 km de la ville de Genève. Elle est en activité depuis les années 1970, et fait partie des centrales les plus anciennes de France. Le canton et la ville de Genève contestent notamment le projet EDF de construire sur le site un centre de stockage de déchets nucléaires, appelé « ICEDA » (installation de conditionnement et d'entreposage de déchets activés), ce qui permettrait de stocker une partie des déchets issus des neuf réacteurs d'EDF en cours de démantèlement en France (Brennilis, Bugey 1, Saint-Laurent, Chinon, Creys-Malville).
La centrale de Bugey compte un réacteur en cours de démantèlement, un à l'arrêt depuis le 27 août 2015 et trois autres en activité. Le réacteur a l'arrêt a fait l'objet d'une demande de l'Autorité de sûreté nucléaire (ASN) exigeant la réparation d'une dégradation d'étanchéité du revêtement métallique de l'enceinte du réacteur par EDF.

Le dépôt de plainte survient alors que les Forces motrices Bernoises (BKW), lors du débat sur la Stratégie énergétique 2050 au Conseil National, ont annoncé la fermeture de la centrale nucléaire
de Mühleberg le 20 décembre 2019. La centrale suisse Beznau I est à l'arrêt depuis juillet 2015, lorsque la révision annuelle a révélé des anomalies sur la cuve de pression du réacteur. La suisse a décidé de sortir définitivement du nucléaire d'ici 2034.
En mars 2015 la ville de Genève déclarait explorer « toutes les pistes pour s'opposer à la poursuite de l'exploitation de la centrale », en agissant conformément à la Constitution cantonale qui lui impose de « tout mettre en œuvre pour s'opposer à toutes velléités nucléaires dans et proche de ses frontières ».
Lors des multiples procédures ont été intentées contre l'exploitant EDF, le Conseil d'État français avait statué en faveur de la poursuite de l'exploitation de l'énergie nucléaire.

La fermeture de la centrale nucléaire Bugey n'a jamais été évoquée par l'exploitant EDF, ni par l'État français qui est actionnaire à plus de 84% de la société EDF. Lorsque les quatre réacteurs de la centrale nucléaire Bugey fonctionnent, cela représente 4,5% de la part d'électricité produite sur le territoire français. La loi sur la transition énergétique prévoit un plafonnement de l'activité du parc nucléaire à son niveau actuel et une réduction de la part d'électricité provenant de l'énergie nucléaire de 75% à 50% d'ici 2025, en développant le recours aux énergies renouvelables.

Dimanche 28 février 2016, la ministre de l'environnement et de l'énergie, Madame Ségolène Royal a déclaré qu'elle était favorable au « prolongement de la durée de vie des centrales nucléaires françaises sous réserve de l'avis de l'Autorité de sûreté nucléaire ». La décision appartient à l'Autorité de sûreté nucléaire qui rendra un avis générique sur le sujet fin 2018. Le président de l'Autorité de sûreté nucléaire Monsieur Pierre-Franck Chevet avait déclaré que « la prolongation de la durée de vie des réacteurs nucléaires au delà de quarante ans n'est pas acquise ».
L'exploitant EDF a estimé à 55 milliards d'euros les rénovations nécessaires à la modernisation et au renforcement de la sûreté de ses installations.
Dans le rapport annuel rendu le 10 février 2016 relatif à « La maintenance des centrales nucléaires », la Cour des comptes évalue à 100 milliards d'euros le coût de la maintenance du parc actuel jusqu'en 2030.