Le SDAGE était élaboré (pour objet de mettre en œuvre les grands principes de la loi sur l'eau du 3 janvier 1992) par les comités de bassin, à l'échelle des grands bassins hydrographiques, en associant des élus locaux, des représentants de l'État, des usagers (industriels et agriculteurs) et des associations. Ces travaux étaient préparés dans les régions par l'agence de l'eau et le service régional de l'État chargé de l'environnement.

Depuis le XXIème siècle, le SDAGE est devenu en France le nom du document de planification nommé « plan de gestion » par la directive cadre européenne sur l’eau (DCE) du 23 octobre 2000 (c'est en fait l'ancien SDAGE de 1996 qui est adapté et rendu conforme au plan de gestion imposé par la directive).

Cette directive fixe des objectifs de qualité de l'eau à atteindre. Pour acquérir ces résultats la DCE introduit une nouvelle gestion des substances dangereuses dans l'eau et l'installe dans le plan de gestion devient sur le territoire français le SDAGE modifié. Les substances dites « prioritaires » sont énumérées et listée au niveau communautaire. Chaque pays membre peut élaborer sa liste des substances dangereuses à contrôler selon ces particularités.

Une note technique datée du 11 juin fixe des nouveaux objectifs de réduction des rejets dangereux dans les eaux de surface. En consultation du 19 décembre 2014 au 18 juin 2015, les travaux d'élaboration des SDAGE pour la période 2016-2021 devraient s'achever cette fin d'année.

Les schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) s’appliquent durant six ans et d’essayer d’atteindre le bon état prévu par la Directive cadre sur l’eau. Les travaux d’élaboration de ces documents pour la période 2016-2021 termineraient en fin d’année.

En effet, avant 2008, les méthodes et les données n'étaient pas homogènes sur le territoire (les normes de qualité environnementale communautaires n'ayant pas été arrêtées à cette date). De la même manière, l'état des lieux réalisé en 2004 pour l'état chimique était très lacunaire. Les éléments de qualité biologique n'étaient également pas tous disponibles. Il est apparu pertinent de fixer de nouveaux objectifs à partir d’une nouvelle année de référence en tenant compte des évolutions de la réglementation et une amélioration de la connaissance sur les sources d’émissions et sur les possibilités d’action. Désormais ce sera 2010.

Certaines matières seront totalement supprimées (telles que le tétrachloroéthylène, le cadmium et ses composés, le trichloroéthylène, le tétrachlorure de carbone, les HAP ainsi que les mercures et leurs composés), des réductions de 10 (diuron, les produits comme la cyperméthrine, ou encore les polluants type toluène, xylène, AMPA et glyphosate) et 30 % (l'anthracène qui sera supprimé en 2028) sont prévues pour d’autres. Et un groupe de polluants sort de réduction puisque les progrès ne sont plus possibles.