-L’article R541-86 du code de l’environnement distingue l’exercice des éco-organismes et celles du censeur d’État en matière de contrôle périodique. En effet en vertu dudit article « La réalisation des contrôles périodiques prévus au IV de l'article L.541-10, auxquels sont soumis les producteurs, importateurs ou distributeurs qui ont mis en place un système individuel approuvé de collecte et de traitement des déchets issus de leurs produits et les éco-organismes agréés lorsqu'ils pourvoient au nombre de leurs activités à la gestion des déchets en application du II de l'article L. 541-10, est effectuée sans préjudice des missions de veille sur le maintien des capacités financières des éco-organismes agréés confiées pendant toute la durée de l'agrément au censeur d'État prévu au II de l'article L. 541-10 ».

-L’article R541-87 nouveau du code de l'environnement renseigne sur la période de réalisation du contrôle périodique de l’éco-organisme. Il dispose à ce titre que « les contrôles périodiques prévus à l'article R. 541-86 sont réalisés au cours de l'avant-dernière année de validité de l'agrément délivré à l'éco-organisme ou de l'approbation d'un système individuel. Lorsque la durée de l'agrément ou de l'approbation est supérieure à quatre ans, un contrôle est également réalisé au cours de la deuxième année de sa validité. »

-Le nouvel article R541-88 du code de l'environnement traite quant à lui de l’accréditation des organismes chargés de réaliser le contrôle périodique.
À cet effet « Les organismes habilités à réaliser ces contrôles sont accrédités (…) en tant que tierce partie indépendante par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par tout autre organisme d'accréditation signataire de l'accord de reconnaissance multilatéral établi dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation »

-L’objet du contrôle périodique est défini par l’article R541-89 du code de l'environnement qui a attrait au respect des clauses du cahier des charges d’agrément ou d’approbation. Celles-ci portent principalement sur les objectifs et obligations concernant la collecte et le traitement des déchets, l'information et la communication, la prévention de la production de déchets, les études, la recherche et le développement, les obligations comptables et financières, les relations avec les différents acteurs de la filière, le suivi, l'observation et le contrôle de la filière. De plus il est précisé que lorsque le contrôle concerne un éco-organisme agréé, il ne porte que sur la partie de ses activités relative à la gestion des déchets en application du II de l'article L. 541-10. Le contenu détaillé des contrôles est précisé pour chaque filière dans le cahier des charges d'agrément ou d'approbation.

- La procédure du contrôle périodique sera finalement décrite par les articles R541-90, R541-91 et R541-92 du code de l’environnement.
D’une part, il est fait état de l’obligation pour l’éco-organisme ou le titulaire d'une approbation d'un système individuel de fournir toute information au contrôle.
D’autre part un compte rendu de chaque contrôle sera transmis à l'éco-organisme agréé ou au titulaire de l'approbation du système individuel et au ministre chargé de l'environnement. Il sera ensuite communiqué par le ministre chargé de l'environnement à la commission consultative d'agrément de la filière. De plus si le contrôle périodique porte sur un éco-organisme agréé, ce dernier transmet le compte rendu au censeur d'État.
Enfin des sanctions prévues à l’article L541-10 du code de l’environnement sont prononcées en cas d’inobservation et violation des clauses du cahier des charges.