La troisième période du marché européen du carbone concerne les huit années 2013 à 2020. Le texte de la directive SCEQE 2003, révisé par la directive 2009/29/CE du 23 avril 2009, qui a été appliqué depuis le début 2013, sera mieux harmonisé du point de vue de la réglementation, offrira une meilleure prévisibilité aux opérateurs du marché et bénéficiera d’une plus grande crédibilité sur la scène internationale.

Les principales modifications sont :

- Un élargissement du champ d’application du système qui a inclus (outre l’aviation à partir de 2012) d’autres industries, parmi eux, on compte entre autres la production d’aluminium primaire, d’ammoniac, de soude, de bicarbonate de sodium ou encore d’hydrogène. Les activités de capture, de transport et de stockage géologique des émissions de CO2 (encadré par la directive 2009/31/CE du 23 avril 2009, dont la mise en œuvre sera étudiée dans le chapitre II de la présente étude), et d’autre gaz à effet de serre (les six gaz à effet de serre pris en compte dans le SCEQE) ;

- Le remplacement du système actuel de plafonds d’émission nationaux par un plafond unique pour toute l’Union européenne;

- Une réduction linéaire de 1,74 % par an du plafond d’émission à l’horizon 2020 et au-delà, ce qui signifie qu’en 2020, le nombre de quotas d’émission sera inférieur de 21 % au niveau d’émission de 2005. Il est à noter que, le fait d’annoncer à l’avance cette réduction linéaire, offre aux opérateurs du marché la clarté et la prévisibilité dont ils ont besoin pour effectuer les investissements qui s’imposent en matière de réduction des émissions;

- Le passage progressif à un système de vente aux enchères des quotas d’émission qui remplacera définitivement l’actuel système consistant à allouer gratuitement la majorité des quotas. À partir de 2013, au moins 50 % des quotas devront être vendus aux enchères dans le but d’atteindre une mise aux enchères intégrale en 2027. Les conditions de mise aux enchères sont fonction des secteurs. Ainsi, les enchères sont normalement intégrales dès 2013 pour les activités de production d’électricité. Cependant, pour certaines d’entre elles, des quotas resteront alloués gratuitement. L’électricité produite à partir de gaz résiduaires, celle visant au chauffage urbain, ou encore celle générée par des exploitations implantées dans des Etats membres où les infrastructures d’électricité connaissent un retard de développement sont par exemple concernées par ces exceptions. Pour ces installations spécifiques, 80% de leurs quotas leur seront alloués gratuitement en 2013, contre 20% en 2020 et 0% en 2027. D’autres secteurs, présentant un risque important de fuite carbone, pourront également recevoir gratuitement l’intégralité de leurs quotas jusqu’en 2020.

- Une réglementation mieux harmonisée en matière de surveillance, de déclaration et de vérification des émissions. Cette réglementation renforcera la fiabilité et la crédibilité du SCEQE.

En effet chaque installation couverte par le SCEQE doit obtenir un permis d’émission délivré par l’autorité compétente pour les six gaz à effet de serre contrôlés par le protocole de Kyoto. L’une des conditions pour obtenir ce permis est que l’opérateur doit pouvoir surveiller et déclarer les émissions produites par son usine.

A noter que, un permis n’est pas un quota: le permis décrit les obligations de surveillance et de déclaration d’une installation alors que le quota est l’unité d’échange du système.

Les opérateurs doivent déclarer leurs émissions de gaz à effet de serre incluses dans le SCEQE après chaque année civile. Les déclarations doivent être vérifiées par une entité indépendante en fonction des critères définis dans la législation relative au SCEQE, puis publiées. Les opérateurs dont les déclarations d’émission pour l’année précédente n’ont pas été approuvées après vérification ne seront autorisés à vendre leurs quotas qu’une fois leur déclaration révisée et approuvée par un vérificateur.

L’expérience a révélé des divergences dans les pratiques de surveillance, de déclaration et de vérification des États membres. Pour rectifier ce phénomène et renforcer ainsi le fonctionnement et la crédibilité du SCEQE, des règles mises à jour concernant la surveillance et la déclaration des émissions ont été établies dans un règlement de l'UE (règlement relatif à la surveillance et à la déclaration des émissions, ci-après «MRR» (Monitoring and Reporting Regulation) ou «règlement M&R»).

- La possibilité de créer des liens entre le SCEQE et d’autres systèmes de plafonnement obligatoire des émissions instaurés dans des pays tiers, non seulement au niveau national, mais aussi régional et étatique;

- Une réglementation harmonisée sur l’utilisation des crédits carbone issus de projets MDP et MOC dans les pays tiers. Cette réglementation est conçue de façon à encourager les pays tiers à ratifier le futur accord mondial sur le climat. Ainsi des restrictions quantitatives et qualitatives sont prises, citant comme exemple, du point de vue quantitatif, les plafonds des réductions certifiées d’émissions (REC) de certains projets ne sont plus fixés par les Etats membres pour leur exploitants, mais, c’est l’Union européenne – elle-même qui détermine le plafond des REC restituables. En revanche du point de vue qualitative, seul les projets dits « de grande qualité » émettront des crédits éligibles au sein du SCEQE.

Néanmoins la directive 2009/29/CE ne définit pas explicitement la notion « grande qualité », par contre elle énonce les projets qui n’y répondent pas, comme les projets réduisant les émissions de deux gaz à effet de serre : le trifluorométhane (HFC-23) et le protoxyde d’azote (N2O) ;

- La possibilité pour les États membres d’exclure du système des petites installations qui émettent des quantités relativement faibles de CO2, à condition que ces installations soient soumises à des mesures aboutissant à des réductions d’émissions équivalentes. Sont concernées, les Installations dont les émissions sont inférieures à 25.000 t de CO2 / an et celles dont la Puissance thermique inférieure à 35 MW en cas d’activité de combustion.